爱丁堡大学总体分为艺术、人文与社会科学学院、科学与工程学院以及医学与兽医学院三大学院，三大学院又细分为21个小学院。
爱丁堡大学艺术学院
爱丁堡艺术学院是欧洲最大、建校历史最长的艺术学院之一，其历史可以追溯到1760年的爱丁堡美术学院。
爱丁堡大学皇家(狄克)兽医研究院
爱丁堡大学皇家(迪克)兽医学院是全英历史最悠久的兽医学院，同时也是世界公认的兽医教学和研究领先机构。在2024QS世界大学排名中，排名全球第九名。
爱丁堡大学莫雷教育学院
始建于1843年，历史悠久，学院是全英排名第三的教育学院，仅次于欧洲最好的伦敦大学教育学院和剑桥大学
爱丁堡法学院
学院是苏格兰最大的法律学习中心，这里的图书馆收藏了世界上最权威的法学学术书刊和资料。
爱丁堡文学院
爱丁堡大学文学院是学校最大的学院。
